En los granos de kéfir encontramos un consorcio de bacterias y levaduras cuyas especies pueden variar un poco, dependiendo del lugar donde se produce. Esto quiere decir que encontramos diferencias entre los microorganismos que componen a los granos de kéfir, aunque las especies difieren, los géneros son los mismos.

Esta diversidad microbiana está asociada con los efectos benéficos que producen los probióticos cuando los consumimos, ya que una sola especie no es capaz de producir todos los beneficios asociados a la salud. Cuando añadimos los granos de kéfir a leche de vaca, cabra, etc., los probióticos fermentan la lactosa a ácido láctico, dando el sabor típico de las leches fermentadas. También producen una serie de compuestos llamados metabolitos (alrededor de treinta compuestos diferentes), que pueden contribuir a mejorar nuestra salud.

A través del tiempo se han acumulado estudios científicos dirigidos a conocer los efectos del consumo del kéfir en la salud. Muchos de ellos se han hecho en modelos murinos (ratas y ratones), cuyos organismos guardan cierta similitud con los humanos; aunque también existen estudios con personas. 

El kéfir proporciona una variedad de importantes ventajas nutricionales, ya que durante la fermentación de la leche, la lactosa y las proteínas se biotransforman en moléculas que favorecen una digestión más fácil y una mayor biodisponibilidad de los nutrientes. El kéfir también mejora el sistema digestivo al modificar la microbiota intestinal e incorporar probióticos, prebióticos (kefirán) y enzimas extracelulares.

Por otro lado, los beneficios reportados en la literatura científica incluyen efectos antihipertensivos, antialérgicos, anticancerígenos, reductores del colesterol y otros, los cuales se enlistan.

Es importante destacar que, para que los beneficios se presenten, el consumo de kéfir debe ser continuo y en cantidad suficiente, de tal forma que garantice la llegada de los probióticos al intestino y su permanencia en el mismo.